<디스크 1>
"FALLOUT”죽음의 재
사이버트론을 되살리려는 맥시멀들의 노력으로 메가트론은 사라진다. 옵티머스가 죽었다고 믿는 맥시멀들은 정지된 행성의 기능을 되찾기 위해 고군분투한다. 한편, 옵티머스는 오라클로 부터 자신의 진정한 임무에 대해 듣는다. 그의 임무는 육체의 유기체를 사이버트론으로 복원해 기계와 유기체간의 균형을 이루도록 하는 것. 자신의 운명을 개척해야 하는 시기가 왔다고 믿는 옵티머스는 행성을 다시 되살리기로 다짐하는데…

"SAVAGE NOBLE" 메가트론의 스파크
사라진 메가트론이 다시 나타나고 또다시 전쟁이 시작된다. 맥시멀들은 비히콘들을 자신들과 같은 편이 되게 하려고 노력하지만 쉽지 않다. 젯스톰이라는 이름을 가진 비히콘도 사실은 블랙 아라크니아의 연인이었던 실버볼트. 블랙 아라크니아는 다른 맥시멀들의 만류에도 불구하고 실버볼트를 설득해 자신의 편으로 끌어들이려 하지만 쉽지 않은데….

"PROMETHEUS UNBOUND" 메가트론의 요새
행성의 기능을 되살리기 위해 주 보완 시스템을 찾아 간 옵티머스와 팀원들. 그러나 자기 통제가 되지 않는 노블 때문에 위기에 처한다. 힌편 옵티머스는 실종된 맥시멀들의 스파크를 찾아야한다고 이야기한다.갑자기 스파크 익스트랙터의 공격이 시작되고, 모두가 싸우는 가운데 노블은 스파크 익스트랙터를 통해 스파크가 빠져나간다. 그 스파크가 향한 곳은 다름아닌 메가트론의 우주선. 메가트론은 유기체와 기계체를 완벽하게 분리하는데 성공하지만 그의 스파크가 유기체 안에 있어서 방법을 모색했던 것인데....

"IN DARKEST KNIGHT" 어둠의 기사
실버볼트에 대한 블랙 아라크니아의 믿음 때문에 동료들이 함정에 빠진다. 옵티머스는 오라클에 대한 정보를 알아내기 위해 메가트론에게 접근하고 결국 붙잡힌다. 내적으로 갈등하던 실버볼트는 메가트론에 대항하고, 위기의 순간 옵티머스를 구해내면서 실버볼트도 이들과 운명을 같이하기로 하는데…

"A WOLF IN THE FOLD" 메가트론의 공격
메가트론의 격한 공격으로 팀원들은 내분에 휩싸인다. 사실 그들은 모두 메가트론이 보낸 증오 전염 바이러스에 감염되어 서로 증오하고 미워하게 된 것. 옵티머스의 명령에도 불복종하며 화를 내고 싸우자 옵티머스는 혼자서 적진으로 들어간다. 결국 자신들이 바이러스에 감염된 것을 알게 된 맥시멀들은 같이 협조해 신경통로를 만들고 바이러스를 파괴하기로 하는데…

"HOME SOIL" 고향
이상한 생명체를 발견한 맥시멀들은 외계 생명체에 사이버트론이 감염되었다고 생각한다. 그러나 그것은 나무였던 외계의 유기체였고 그 이름은 보타니카. 땅 속에 뿌리내리고 있으면서 강력한 힘을 지닌 보타니카도 다른 맥시멀들과 함께 사이버트론을 살리는데 동참하기로 하는데…

<디스크 2>
"SPARKWAR PART 1: THE STRIKE”스파크 전쟁 : 공습
치열한 전투가 계속되는 가운데 함정에 빠져 대규모 군단의 포위를 받게 된 맥시멀들은 그들이 사이버트론의 역사상 최고의 장군들과 싸우고 있다는 것을 알게 된다. 메가트론이 원하는 것은 맥시멀들의 스파크, 그는 맥시멀들의 스파크를 이용해 사이버트론은 물론 매트릭스 전체를 장악하려는 야심을 품고 있는데…

"SPARKWAR PART 2: THE SEARCH”스파크 전쟁 : 수색
메가트론은 옵티머스를 제외한 모든 맥시멀들을 파괴하라는 지시를 내린다. 래트랩은 추적 교란장치를 만들지만 효과를 보지 못하고, 래트랩과 보타니카는 사사건건 부딪힌다. 옵티머스는 아이오콘에서 자신의 조상을 만나고 “오라클은 네 안에 있으며, 메가트론을 처치할 방법을 알려줄 것이다”는 메시지를 듣는다. 그러나 그곳에 나타낸 메가트론은 자신이 옵티머스의 오라클을 다운 받았다고 이야기하는데…

"SPARKWAR PART 3: THE SEIGE”스파크 전쟁 : 구출
래트랩은 새로운 교란장치를 만들어 팀원들에게 주고 비히콘의 혼란을 야기한다. 그러나 이를 눈치 챈 놈들의 손에 들어가 오히려 함정에 빠지는 결과를 낳는다. 우주선에 스파크를 구출하러 간 옵티머스 일행은 그곳에서 그들을 기다리고 있던 메가트론을 만나고 , 메가트론은 무서운 파워로 기존의 스파크와 옵티머스 일행의 스파크를 하나로 통일하기 시작한다. 한편 나이트스크림을 따라다니던 노블은 결정적인 순간에 나타나 그들을 구하고 희생되는데…

"SPARK OF DARKNESS" 새로운 공격
메가트론이 사라지고 모든 것이 끝났다고 생각하지만 보타니카는 더 큰 악의 힘을 느낀다. 맥시멀들은 기계 유기체를 재건하고 사이버트론과의 균형을 맞추는 궁극적인 임무를 실현하기로 한다. 비히콘들은 메가트론이 사라지자 갈등하고, 맥시멀들은 수색 중 강력한 힘을 가진 뭔가를 발견하는데…

"ENDGAME PART 1: THE DOWNWARD SPIRAL" 최종 게임 : 몰락
우주선에서 스파크를 보호하고 있는 맥시멀들. 그리고 이를 공격하는 메가트론 일당의 대규모 공격이 계속된다. 실버볼트와 나이트스크림, 블랙 아라크니아는 외부에 정찰을 나가지만 적들의 공격이 계속되자 옵티머스는 스파크를 보호하기 위해 하는 수 없이 우주선에 방어막을 친다. 그러나 땅을 떠나서 살수 없는 보타니카가 위험에 처하자 래트랩은 방어막을 깨고 보타니카를 밖으로 탈출시키는데…

"ENDGAME PART 2: WHEN LEGENDS FALL" 최종 게임 : 메가트론의 새로운 몸체
메가트론은 몸체를 바꿔가면서 강력한 힘을 과시하고, 사이버트론의 스파크가 연합되어 옵티머스에게로 간다. 정체 파악 조차 제대로 되지 않은 메가트론에게 대원들이 하나 둘씩 희생당하고 그들의 스파크 또한 빼앗긴다. 결국 옵티머스만 남게 되고 포기하지 말라는 맥시멀들의 메시지를 들은 그는 자신의 스파크가 빛나는 한 모든 트랜스포머의 자유를 위해 싸우기로 다짐한다.

"ENDGAME PART 3: SEEDS OF THE FUTURE" 최종 게임 : 옵티머스
옵티머스의 옛 몸체를 빌어 나타난 메가트론. 다른 맥시멀들은 모두 사라지고 옵티머스와 메가트론의 최후 대결만이 남았다. 메가트론은 매트릭스를 지배하기 위해 옵티머스 안에 있는 오라클이 필요했던 것. 그러나 옵티머스는 마지막 힘을 다해 싸우고 결국 메가트론과 함께 사라진다. 맥시멀들은 다시 살아나고, 사이버트론도 다시 생명을 찾는다. 스파크는 해방되어 모든 유기체들이 살아오고 모든 것들이 평화와 균형을 이루고 있지만 옵티머스의 빈자리에 맥시멀들은 슬퍼하는데…